不可避免地，自動化倉儲系統也有其劣勢或限制因素，包括：投資成本高：相對傳統倉儲系統，這是最明顯的劣勢。自動化倉儲貨架系統由先進的硬件及軟件系統組成，因此具有較高的購買成本。同時，在采購資源的投入、售后服務如備件更換等方面的成本也較高。建設周期長：包括使用前對倉儲現狀的評估分析、采購的訂貨周期、系統安裝調試周期等方面，需要花費較長的時間。對貨物存儲特性要求高，缺乏彈性：自動化倉庫貨架的設計建造，需要考慮其存儲貨物的種類、存儲環境、吞葉量等物流特征。而一旦投入使用，存儲特性基本固定，若某一因素發生變化，其適應和彎化彈性相對較小。對倉庫貨架管理和技術人員要求高：自動化倉儲貨架系統技術含量較高，對作業人員素質要求也相應較高，操作人員需經過專門的培訓才能上崗。需多個系統相結合才能發揮最大經濟效益：如存儲系統與搬運系統的結合、硬件與軟件系統的結合，由于技術要求限制，同等技術水平的系統結合才能發揮最大效益，一定程度上增加了投資成本。

     對于物流中心的運行，決定采用一種最現代化的集成系統，要求系統能夠實現動態、無紙化、高性能的揀選工作。該系統提了最大的存儲空間，并實現了在最小空間范圍內的快速存取。內部物流系統里還涉及到貨架鋼結構，輸送系統，堆垛機和可視化軟件等。這些因素綜合起來提高了倉庫貨架容量，有效地減少了高勞動強度的補貨過程，目前已經開始大大節省倉庫貨架物流與配貨的成本。